药品生产、经营、使用单位的人员取得《执业药师资格证书》后即可向执业单位所在地区的执业药师注册机构申请办理注册手续。办理同时须具备下列条件：①取得《执业药师资格证书》；②遵纪守法，遵守职业道德；③身体健康，能坚持在执业药师岗位工作；④经执业单位同意。
办理时限: 首次注册、再次注册、注销注册20个工作日，变更注册7个工作日
办理程序: 申请人提出注册申请-注册机构受理出具受理证明-审核申请材料-复审申请-许可决定签发注册证书-送达
(1)首次注册与再次注册
执业药师首次(再次)注册应填写《执业药师首次(或再次)注册申请表》，并按要求准备相关材料，交执业药师注册机构办理注册手续。注册机构在受理申请人的注册申请材料时，对于申请材料存在可以当场更正的错误，应允许申请人当场更正；对于申请材料不齐全或者不符合规定形式的，应当场(或者在5个工作日内)一次告知申请人需要补正的全部内容，逾期不告知的，自收到注册申请材料之日起即为受理，并于20个工作日内做出是否注册的决定，特殊情况可延长10个工作日。对于不予注册的，需注明原因及日期，并向申请人出具加盖本注册机构专用印章的书面通知。准予注册的，颁发《执业药师注册证》。
执业药师注册有效期为三年。持证者须在有效期满前三个月到原执业药师注册机构申请办理再次注册手续。超过期限，不办理再次注册手续的人员，其《执业药师注册证》自动失效，并不能再以执业药师身份执业。办理再次注册时，同时变更执业单位的，须提交新执业 单位合法开业证明。
首次注册：《执业药师首次注册申请表》、《执业药师资格证书》、身份证明复印件、近期一寸免冠正面半身照片3张、县级以上(含县)疾病预防控制机构出具的健康证明，执业单位合法开业的证明复印件等。
再次注册：《执业药师再次注册申请表》、《执业药师资格证书》、《执业药师注册证》、《执业药师继续教育登记证书》、近期一寸免冠正面半身照片3张、县级以上(含县)疾病预防控制机构出具的健康证明等。
(2)变更注册与注销注册
执业药师变更执业地区、执业单位、执业 范围应及时办理变更注册手续，填写《执业药师变更注册申请表》，并按要求准备相关材料，交执业单位所在地省级药品监督管理部门 (变更执业地区的申请材料应交新执业单位所 在地省级药品监督管理部门)办理变更注册手续。对于以上资料，注册机构核对原件和复印件无误后，应当将原件返还申请人。注册机构应当自受理变更注册申请之日起7个工作日内作出准予变更注册的决定，收回原《执业药师注册证》，颁发新的《执业药师注册证》。变更执业范围、执业地区、执业单位，注册有效期不变。
执业药师注册后如有下列情况之一的，应予以注销注册：①死亡或被宣告失踪的；②受刑事处罚的；③被吊销《执业药师资格证书》的；④受开除行政处分的；⑤因健康或其他原因不能从事执业药师业务的；⑥无正当理由不在岗执业超过半年以上者；⑦注册许可有效期 届满未延续的。注销手续由执业药师本人或其所在单位向注册机构申请办理。
变更注册：《执业药师变更注册申请表》、《执业药师资格证书》、《执业药师注册证》、近期一寸免冠正面半身照片3张、新执业单位合法开业的证明复印件等。
注销注册：《执业药师注销注册申请表》、《执业药师资格证书》、《执业药师注册证》等。
网上申报办理程序：
为贯彻落实《行政许可法》提出的转变政府管理模式，建设公正透明、廉洁勤政、高效便民的政府，实行政务公开、阳光审批，提高行政效能和政府公信力的要求，国家食品药品监督管理部门于2008年1月运行执业药师注册管理网络信息系统，实现执业药师注册行政许可项目的网上申报、网上审批、网上公告、网上监督。
执业药师注册网上申报办理程序是：执业药师登录国家食品药品监督管理总局执业药师注册网络服务平台(网址：//zyys.sfda.gov.cn/zyysweb/index.jsp)
网上填写个人基本信息-->网上修改登录密码-->网上填写申报表-->网上提交申报-->网上打印申报表-->携带审核材料到执业单位所在地注册机构进行审核-->网上查询审核状态-->网上注册许可公告-->到注册机构领取证书。
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